La historia de este municipio se remota a la época de la Colonia, según el historiador Lic. Gustavo G. Velázquez dice que la cabecera municipal Atlautla, fue fundada en 1551 por el cacique Cuahpoltécatl.
Según las relaciones originales de Chalco Amaquemecan de don Francisco de San Antonio Muñoz Chimalpahin Cuautlehuanitzin, cronista indio de la nobleza de Amaquemecan superviviente de la matanza de los conquistadores, recopiló la historia de su pueblo escrita en lengua náhuatl y traducida por Silvia Rendón llegamos a la conclusión que los antiguos habitantes de Atlautla eran descendientes de chichimecas y de éstos se desprenden tres familias que son: totolimpecas amaquemes, tecuamipas y tlayllotlacas atlautecas que a su vez pertenecían a la gran nación otomí. Su ciudad principal la llamaron Itztlacozuahcan luego la cambiaron por Tzacualtitlan, Tenanco, Atlauhtlan, más tarde Amaquemecan, que a su vez pertenecía a Chalco y por eso se llamaba Chalco Amaquemecan, toda esta región, hasta la llegada de los españoles.
También el historiador fray Diego Durán nos da una idea muy clara de como estaba poblada y dice: “Este cerro (se refiere al Popocatépetl) con ser sus faldas tan ásperas de quebradas y cerros y tierra asperísima, están los cerros pobladísimos de gente y lo estuvieron siempre" (Fray Durán Diego. Historia de las Indias de la Nueva España, tomo I 1967, 164)".
En las Cartas de Relación de la Conquista de México de Hernán Cortés, dice que cuando pasó por Amaquemecan había como 20,000 habitantes incluyendo los “sujetos” que le ordenaban. Esos sujetos eran unos asentamientos humanos pobladísimos de gente que Diego Durán anotará más tarde.
Después de la caída de la gran Tenochtitlán llegan aquí los españoles y después de traer a los nativos de las llanuras pastoras, de los cerros, de los breñales, barrancas y cuevas para que recibieran el bautismo; casi de inmediato empezó la mortalidad para esa pobre gente, primero por la matanza que los mismos conquistadores hicieron, enseguida por la peste de la viruela y en 1545-1547 por la enfermedad del cocolifxtli y además llegaron otros españoles que se llevaban por la fuerza a los pobres nativos para esclavizarlos en las minas y en las construcciones de ciudades lejanas, por tal motivo los pueblos quedaron semidespoblados.
Por esta razón el cacique Cuauhpoltécatl fundó Atlautla en 1551 y el señor cacique Miguel Atzatzayacatzin “juntó” los barrios dispersos en los montes para formar el pueblo de Atlautla.
Sin embargo, hay que aclarar que cuando el cacique Cuauhpoltécatl fundó el pueblo, fue con el nombre de: San Jacinto Atlahutlan y fue hasta más tarde que le cambiaron por el de San Miguel; cuando trajeron de Atlixco la imagen de San Miguel Arcángel.
Cuando los evangelizadores les dieron su santito a cada población también les pusieron primero un nombre español y luego el que ya tenían en lengua nahuatl y son como sigue: San Jacinto Atlauhtlan, La Natividad Tepancalco, San Pedro (de éste no se sabe), Santo Domingo Tecomaxochitlan, San Lorenzo Actopan, San Francisco Texinca, San Martín Tlailotlacan, San Bartolomé de Amilco, y Santo Santiago Metepec.
Estos son los que se convirtieron en barrios ya congregados en Atlautla, pero antes eran grandes pueblos junto con otros que desaparecieron como Santa Catarina Atzingo.
El único que existe hasta la fecha es San Juan Tehuixtitlán que era una aldea desde mucho antes de la conquista junto con la otra aldea llamada Xalaltenco y en 1535 se le unió el pueblo de San Juan Bautista que existía en donde ahora se llama Gachupingo porque allí vivieron los españoles apodados Gachupines.
Luego en el año 1538 ya unidas las 2 aldeas y la gente que vino de San Juan Bautista, recibió la categoría de pueblo por Manuel de la Fuente, Conde de Tendilla, con el nombre de San Juan Bautista Tehuixtitlán, según escribió el historiador Víctor Sánchez (1830-1925)
Hacia el año 1599 Atlautla, tenía 35 tributarios mexicanos, una iglesia cubierta de paja, sin otro edificio de consideración. En esa época tenía como autoridades a tequitlatos y mandones, los cuales eran Leonardo de San Miguel, Julián Domingo y Baltazar de San Miguel.
La cabecera de todos estos pueblos eran Amaquemecan y en 1606 se separaron definitivamente de Amaquemecan (hoy Amecameca) y más tarde Atlautla perteneció a Ozumba aunque esta población es más nueva pero como éste era el paso de los viajeros que venían de Acapulco, de Oaxaca y Centro América, pues simplemente se comprende que creció su población y Atlautla quedo un poco aislada.
Durante los primeros años del siglo XIX no existe ningún antecedente de esta municipalidad. En lo que se refiere a la guerra de Independencia o de la Invasión Norteamericana y de la Intervención Francesa, no hay noticias ni siquiera por tradición oral.
Lo más importante de éste siglo XIX fue la erección del municipio de Atlautla segregado del de Ozumba el 9 de octubre de 1874, siendo gobernador constitucional del estado de México el Lic. Alberto García, llevando el nombre de Atlautla de Victoria en memoria del general Guadalupe Victoria, primer presidente de México, sólo para la cabecera municipal.
Durante la época de Porfirio Díaz llegaron a esta municipalidad los ferrocarriles Interoceánico y el ferrocarril México-San Rafael-Atlixco; el primero pasaba por Popo Park y Ozumba hasta llegar a Cautla, Morelos, el segundo pasaba por San Juan Tehuixtitlán, llegaba a la cabecera municipal de Atlautla y de aquí hasta “Las Lajas” un punto entre los límites del Estado de México y Puebla.
Con este medio de comunicación cambia la vida de los nativos y los que más se beneficiaron fueron los hacendados que ya podían transportar sus productos con mucha rapidez hasta la capital mexicana.
Así estaban las cosas cuando llegó aquí un norteamericano llamado Mr. Hall y con el permiso del famoso dictador Porfirio Díaz funda Popo Park a donde el americano construye entre otros edificios una casa para el señor presidente de la República. De 1890 a 1910 brilla ésta colonia de edificios hechos totalmente de piedra, frecuentado por el turismo nacional y extranjero pues era, y es hasta el día de hoy, la admiración de propios y extraños por su paisaje adornado por los volcanes Popocatépetl (cerro que humea) e Iztaccihuatl (mujer blanca) que le dan una belleza única en el mundo.
Al entrar el siglo XX las haciendas estaban en su pleno apogeo y los pobres campesinos eran esclavos disfrazados de peones “trabajaban de sol a sol” y bajo el látigo de los capataces, vivían endeudados con sus patrones por medio de sus tiendas de raya; hasta que el caudillo Emiliano Zapata movilizó a muchos hombres valientes para expropiarle sus tierras a los hacendados.
En 1914 empieza la matanza entre muchos contendientes, por ésta razón los habitantes de estos pueblos se fueron a esconder a los montes y ahí murieron cientos de seres humanos por hambre y las enfermedades.
